治療灰甲的方法主要有3種：外用藥物、口服藥物及移除受感染指甲。 一般情況下，外用藥物是治療灰甲的第一道防線。因為口服藥物 副作用較多及肝病或長期病患人士不宜服用，而移除受感染指甲不但非常痛楚，更會令手指或腳趾失去原有保護，嚴重影響日常生活。近年開始有患者嘗試激光治療，惟成效未有太多數據支持，而且費用昂貴。
選擇外用灰甲藥物時，應該考慮其成份，療效及安全性。目前獲本港衛生署批核用作治療灰甲的藥性成分只有3種：Amorolfine (阿莫羅芬)、Ciclopirox (環毗酮胺)及Efinaconazole (艾氣康座)。
當中以Amorolfine (阿莫羅芬) 最為常見，臨床研究較多，療效亦高，能迅速滲入甲床患處，一星期只需使用一次就可以持續發揮藥效，真正殺滅灰甲真菌⁴，並有效防止真菌擴散。
市面上眾多聲稱可治療灰甲的外用產品，都不是註冊藥物，沒有列明成份，有機會只能抑制真菌生長，而非真正殺掉真菌，療效成疑。故亂試用除了無助於治療，更可能會因延誤治療而引發其他嚴重的併發症。
坊間流傳各種治療灰甲的偏方都未有醫學實證，如酒精或醋並不能殺滅真菌，反而會刺激皮膚；抗生素則是用作對抗細菌而非真菌。
灰甲不但影響外觀，患者若未有及時醫治，真菌有機會蔓延至其他指/趾甲，情況轉差更可能出現甲板變厚、變形、變脆或發出異味，嚴重者甚至會因甲板與甲床分離脫落而造成痛楚，影響走路及日常生活。
除了影響自身健康，由於灰甲的傳染性非常高，一旦發現就必須盡早治療，以免傳染家人。
要徹底根治灰甲，患者必須耐心持續使用藥物，真正殺滅灰甲真菌，直至健康的指／趾甲重新長出來為止。若在未完成治療前便放棄，患甲的甲床下仍然存有真菌，灰甲便很容易再度復發。
而因為生活習慣或需要（如長時間處身潮濕環境或需赤腳）而較容易受感染的人士，建議治療完成後繼續使用產品，作預防之用。
灰甲復發率可達70%⁷。臨床實證，持續每2星期使用1次含藥性成分Amorolfine (阿莫羅芬) 的灰甲產品，有效預防復發近90%⁸。
治療時間取決於感染的類型、位置以及感染的嚴重程度。通常手指甲需要6個月。而腳趾甲需要12個月才能恢復健康、清潔和正常的外觀。
市場上的灰甲產品，成分多為醋酸，標榜毋須銼甲，看似方便易用，但其實大錯特錯，因為銼甲是治療灰甲非常重要的第一步。
灰甲真菌的細胞壁十分堅固，如沒有足夠藥物滲入患處，將難以有效殺滅真菌。而指／趾甲的結構本來已經非常緊密，受真菌感染後，更會增加厚度，形成防滲屏障，令藥物難以滲透，變相保護藏在甲板的灰甲真菌⁹。
中文大學皮膚中心的研究亦發現，若使用市面上含醋酸的灰甲產品，按其指示不銼甲，直接塗抹使用120次，甲床亦未能達至pH3.0的殺真菌酸鹼值水平⁹換句話說，治療灰甲效果存疑。
相反，銼甲能減少患甲厚度，有助藥物滲透，提高療效。同時又能將受感染的部份患甲清除，減少對新生指／趾甲的影響，加快回復健康。
建立良好的衛生習慣，可有助預防感染：
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保持雙腳雙手乾爽（如：沖涼洗手後要將手指、腳趾抹乾）
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避免每日穿同一對鞋，每日換襪（腳汗多更應帶備替換襪）
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避免共用拖鞋、指甲鉗、毛巾等物品
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定期更換洗手間的抹手手巾及擦腳地布
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家中有人患上灰甲，應避免赤腳行走，更要定期清潔及消毒地板
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使用公共設施時（例如：游泳池，健身房等），避免赤腳行走
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修甲前後，徹底清潔及消毒工具避免交叉感染
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不論香港腳或灰甲，都應盡快治療，防止交叉感染
³ Mycoses. 2019; 00:1-8. https://doi.org/10.1111/myc.12896; Dermatologic Therapy, Vol. 20, 2007, 31-46 ⁴ Lecha M, JEADV 2005, 19 (Suppl 1) 25-33. ⁷British Journal of Dermatology (2014) 171, pp937–958⁸Sigurgeirsson B et al., J Eur Acad Dermatol Vevereol. 2010 Aug;24(8):910-5.⁹Hong Kong J. Dermatol. Venereol. (2014) 22, 57-64
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